1er janvier 1997 : la Communauté de Communes du Sud-Estuaire est créée. Elle regroupe 6 communes : Corsept, Frossay, Paimboeuf, Saint-Brevin-les-Pins, Saint-Père-en-Retz, Saint-Viaud. La Communauté de Communes compte aujourd’hui 26 012 habitants sédentaires et environ 60 000 habitants en période estivale.

Octobre 1999 : La Communauté de Communes installe son siège dans ses locaux actuels, 6 Boulevard Dumesnildot à Paimboeuf.

Comme tout EPCI (Etablissement Public de Coopération Intercommunale), la Communauté de Communes est administrée par un Conseil communautaire et un Bureau communautaire.
Ils sont assistés de Commissions qui oeuvrent à l'élaboration de projets intercommunaux, dans les domaines de l'environnement, l'action sociale ou encore le sport et la culture…

Le fonctionnement général des services est assuré par 170 salariés, fonctionnaires territoriaux ou contractuels.

Les communes exercent des compétences de manière globale sur leur territoire. On parle de "transferts de compétences" quand elles décident d'exercer leurs compétences en commun dans le cadre intercommunal.

Voir les compétences de la Communauté de Communes du Sud-Estuaire.

Depuis octobre 2010, la Communauté de Communes du Sud-Estuaire se compose de quatre grands pôles :

LE SIEGE - 6, boulevard Dumesnildot à Paimbœuf
Services :
   · Direction.
   · Administration Générale.
   · Communication.
   · Développement économique, touristique et emploi.
   · Finances/Comptabilité.
   · Ressources Humaines.
   · Service Ordures Ménagères.
   · Informatique.
   · Système d’Information Géographique.

LES SERVICES SOCIAUX ET EDUCATIFS - Place du Marché à Saint-Père-en-Retz
Services :
   · Enfance.
   · Relais Assistantes Maternelles (RAM).
   · Service intercommunal des sports.
   · Guichet Unique Information Personnes Agées –
     Centre Local d’Information et de Coordination Gérontologique (GUIPA-CLIC).

LES SERVICES TECHNIQUES - 137, avenue du Maréchal Joffre à Saint-Brevin-les-Pins
Services :
   · Assainissement.
   · Bâtiments.
   · Bureau d'études, marchés publics .
   · Eau potable.
   · Urbanisme.
   · Voirie.
   · Foncier.
   · Déclaration d’Intention de Commencement des Travaux (DICT), alignement.

LE SERVICE ANIMATION JEUNESSE ET PREVENTION - 108, avenue du Maréchal Joffre à Saint-Brevin-les-Pins
Services :
   · Pôle Animation Jeunesse.
   · Pôle Prévention.
   · Maison des jeunes.
   · L’Alternatif.